파트너 극장판 II : 경시청 점거! 특명계의 가장 긴 밤

일본 경찰의 요충지인 경시청 본부 내에서 전대미문의 인질 농성 사건이 발생했다! 인질은 다마루 경시총감, 하세가와 부총감을 비롯한 각 부서 부장급 간부 12명. 현장이 된 회의실은 기동대와 특수수사반 SIT에 의해 완전히 포위되지만, 범인의 동기는 알 수 없다. 요구 사항도 없이 시간만 헛되이 흘러간다. 가장 먼저 사건을 알아챈 것은 우연히 범인인 남자와 마주친 간베 다케루와 그 연락을 받은 스기시타 우쿄. 우쿄는 회의실 안의 상황을 파악하는 것이 관건이라 판단해 감식반의 요네자와 마모루와 전 특명계 진카와 고헤이의 협력을 얻어 아무도 예상하지 못한 기책을 쓴다. 우치무라 형사부장을 비롯한 간부들이 붙잡혀 있는 탓에 실질적인 최고 책임자가 된 나카조노 참사관이 수사본부의 지휘를 맡게 되지만, 좀처럼 진전이 없는 상황에 수사1과의 이타미 겐이치, 미우라 신스케, 세리자와 게이지 등은 초조함만 쌓여간다. 그런 가운데 우쿄가 가져온 정보를 통해 농성범이 전직 경시청 형사 야에가시 데쓰야임이 밝혀진다. 그럼에도 수사에서 배제되어 버린 특명계 두 사람이었지만, 농성 전에 다케루가 야에가시로부터 구해낸 여성이 총무부 장비과의 아사히나 게이코임을 알아낸다. 그때 긴박한 회의실 안에서 총성 두 발이 울려 퍼졌다! 우쿄의 강한 반대에도 불구하고 나카조노 등의 지시로 강행 돌입한 SIT와 기동대원들이 발견한 것은 누군가에게 총을 맞아 절명한 야에가시였다. 무사히 구조된 인질 전원에게서 화약 잔여물이 검출되었으나 발포범은 특정할 수 없다……. 해방과 동시에 12명의 간부들은 용의자가 되고 만다. 오코우치 감찰관의 사정 청취에 12명은 "몸싸움을 벌이던 중 권총이 발사되어 누가 쐈는지는 전혀 알 수 없다"는 모호한 증언을 하고, 야에가시의 요구 사항에 대해서는 모두가 한결같이 입을 다무는 것에 의문을 품은 우쿄와 다케루는 스미다 과장 등의 협력을 얻어 독자적으로 간부들에 대한 탐문을 시작한다. 한편 사건 보고를 받은 경찰청 간부인 오노다 관방실장은 가네코 경찰청 장관과 함께 심상치 않은 움직임을 보이기 시작한다…… 서서히 밝혀지는 사실. 그것은 야에가시와 게이코가 관련되었던 과거의 큰 사건에 관한 충격적인 진실이었다!