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수도 괴멸의 카운트다운을 알리는 수수께끼의 기호 치밀하게 짜인 폭파 계획이 드러나다!? 도쿄 교외의 거대한 TV 타워에서 전직 인기 뉴스 앵커 나카지마 다카오미의 시신이 발견된다. 현장에는 'f6'이라는 수수께끼의 기호가 남겨져 있었다. 경시청 특명계의 스기시타 우쿄와 카메야마 카오루는 형사부장으로부터 소포 폭탄의 표적이 된 중의원 의원 카타야마 히나코의 경호를 명령받는다. 히나코는 폭발물의 습격을 받지만 무사히 해외 시찰을 떠난다. 습격 현장에는 'd4'라는 기호가 있었다. 우쿄와 카오루는 회원제 웹사이트 SNS 안에 '처형 리스트'라 이름 붙은 게시판이 있다는 사실을 알게 되고, 나카지마와 히나코의 사건이 예고 살인이었음을 밝혀낸다. 게다가 2주 전 교통사고로 사망한 키슈 판사의 이름도 리스트에 올라 있었고, 그 사고 현장에서 'e4'라는 기호를 발견한 우쿄는 이 암호들이 체스의 수를 나타내는 기보 기호이며, 일련의 사건이 연쇄살인이라는 것을 확신한다. 수사 1과가 난항을 겪는 동안, 우쿄는 '처형 리스트' 사이트를 관리자로부터 탈취했다는 정체불명의 인물의 주소 'stalemate@hot-free.net'으로 다음 수를 메일로 보낸다. 뜻밖에도 답장이 오고, 그대로 진검승부의 대국이 펼쳐진다. 카오루 등이 지켜보는 가운데, 마침내 우쿄가 '체크메이트'를 선언한다. 그리고 그 기권 국면에서 놀라운 사실이 드러나는데! 그것은 미증유의 대사건의 시작이었다. 우쿄와 카오루가 사상 최대의 난제에 도전한다!!