겐지 이야기: 천년의 수수께끼

헤이안 시대. 후지와라노 미치나가는 중궁인 딸 쇼시에게 천황의 마음을 돌리게 하려고, 쇼시를 모시는 무라사키 시키부에게 이야기를 쓰도록 권한다. 시키부는 세상에 드러낼 수 없는 자신과 미치나가의 관계를 배경으로, 천황의 자식이면서도 황자가 되지 못한 귀공자 히카루 겐지를 둘러싼 사랑과 증오의 드라마를 쓰기 시작한다. 그녀의 이야기는 천황은 물론 도성의 모든 이들을 매료시키고, 이윽고 쇼시는 천황과의 사이에서 황자를 얻는다. 한편 음양사 아베노 세이메이는, 목적을 다했음에도 붓을 멈추려 하지 않는 시키부의 집착에서 불온한 기운을 감지한다.