メサイア「漆黒ノ章」

세계 각국이 군사력을 인구의 0.1%로 줄이고 대량파괴무기 개발을 금지하는 협정에 서명했다. 그러나 이로 인해 분쟁의 양상은 무기 대결에서 정보전으로 바뀌었을 뿐이다. 일본에는 '교회'라는 특수 스파이 양성 기관이 설립된다. '사쿠라'라 불리는 이들 요원은 철저한 규율에 따라 배정된 '메시아' 이외의 누구와도 관계를 맺을 수 없다. 의회 의원 중 한 명을 조사하는 임무를 맡게 된 사쿠라 후보생 시바 슈스케의 가혹한 운명이 시작된다.