SPEC: Zero

La estudiante de preparatoria Saya Toma perdió a sus padres y a su hermano menor en un accidente de avión. El detective Akio Kondo llegó y le dijo: "Existe una alta probabilidad de que tu familia haya sido asesinada por personas con spec." Fue la primera vez que ella escuchó hablar del "spec". Seis años después, Saya Toma, quien nunca olvidó las palabras del detective, decide convertirse en detective. Regresa a Japón tras recibir entrenamiento del FBI en Estados Unidos. Saya Toma es asignada a trabajar en casos sin resolver en la Oficina de Seguridad Pública. Mientras tanto, debido a los planes de Satoshi Chii, Juichi Ninomae considera a Saya Toma enemiga de sus padres e intenta llevarla al límite. Los planes de Satoshi Chii también provocaron que Saya Toma y Juichi Ninomae olvidaran que son hermanos. Los hermanos se encaminan hacia una lucha que pone en juego sus vidas. Una joven llamada Maho Ueno queda envuelta en su pelea. Para proteger a Maho Ueno, Saya Toma usa el "spec".